De CB650R is uitgerust met een dubbel luchtinlaatkanaal dat verse lucht direct aan de voorkant binnenbrengt. Dit verbetert de inlaatefficiëntie en optimaliseert de levering van het koppel.

Met een knipoog naar het roemrijke verleden van Honda draaien de vier uitlaatpijpen van de CB650R samen rond de voorkant van de motor. De achterkant van de demper werd herzien om het volledige effect van de uitlaatgeluiden direct naar de bestuurder te leiden die een opwindend gebrul hoort als hij naar de hogere toeren klimt. Dit creëert de krachtige en indrukwekkende nagalm die alleen een viercilinderlijnmotor kan produceren. 

Er is een eenvoudige conversieset verkrijgbaar bij de Honda-dealers die de motor van de CB650R beperkt tot 35 kW, om de motorfiets geschikt te maken voor een A2-rijbewijs. De terugschakeling naar het volle vermogen na het halen van je volledig A-rijbewijs verloopt even gemakkelijk.

De assist/slipper-koppeling regelt de zesversnellingsbak en vergemakkelijkt het schakelen naar een hogere versnelling en het terugschakelen door een kleine ingreep op de koppelingshendel. Ze voorkomt ook een blokkering van het achterwiel tijdens het snel terugschakelen om vlot in een bocht te kunnen duiken.